首先是根的趋水趋肥性，使根系有一种内在的向外向下伸长的刺激，缺了有机质的土壤含水性差，各类肥料溶液向根部"表达"能力差，致使根系生长的内在刺激不足；其次，土壤微生物同根系的互动，是根系生长的外源刺激。

土壤板结的主要原因是有机质的缺失，而不是由于使用化肥。这并不是说化肥对土壤板结没影响。有机质缺失，化肥对土壤板结影响的烈度就更加凸显。而有机质丰富，化肥被利用率大大提高了，化肥残留于土壤中的硫酸根、氯离子、亚硝酸盐等物质会因转化为水溶有机化合物， 以及丰富的土壤微生物的多重作用而无害化，使土地可以永续耕作。

所以归根结底，化肥"使土壤板结"的负面作用并不是化肥之过，而是人们忽视了向土壤施用足量的有机肥料的结果。

土壤中有机质不足，微生物繁殖所需的碳源不足，致使根际微生物群落稀疏，根系生长的外源刺激太弱，根系就失去了生长的外部刺激。